From jaanus.karo@mkem.uu.se Tue Jul 12 21:59:54 2005
Date: Tue, 12 Jul 2005 21:00:07 +0200
From: Jaanus Karo <jaanus.karo@mkem.uu.se>
To: heiki.kasemagi_5536@eesti.ee
Subject: Pisipudinad

Vibolla pole jrgmistel irinatel mingit thtsust, kuid sellised asjad 
jid silma antud doci lugedes. Ise teate, mis nendega teete, kki on 
mnest ka kasu :)


* lk 7. piltide all, "... neid saab kajuhuslikult ..." on kokku linud.
* eesti keele poolitust vist ei ole kasutatud. Nide lk 8: 1. lik, 
esimene rida, "mi-inimum"
* tundub, et lisaks # reale saab jtta ka thja rida failidesse, v.a. 
params.ini fail. Kui see nii on, siis kki seda failide kirjeldustesse 
lisada? Ja progemiskeelte docides on ka see eraldi ra toodud, kui 
kommentaari saab lisada rea lppu.
* kki lisada, et numbrite, vtmesnade, jms. vahele vib panna nii 
"tab" kui ka suvalise arvu thikuid.
* lk 10. blind aatomite kirjeldus. Kas need on kah need optional 
parameetrid, sest nidetes neid ei ole.
* kki peaks tpsemalt seletama, et mis vahe on niteks CONSTRAINTS ja 
BONDS gruppidel ja kus mida kasutatakse? Alguses ei saa muffigi aru, et 
milleks sama asja nagu topelt.
* kui see mcgen enam ei arene ning sellega lpeb ka doci areng, siis kas 
ei peaks tabelid le vaatama ja krvaldama sellised nhtused, et mingi 
sektsiooni viimane rida on teisel lehel. Mletad, ma panin kord sellega 
puusse :)
* Kas doci ei peaks lisama sektsiooni, kus on ra toodud kik 
implemenditud potensiaalid ning nende nimetused?
* tabel 2 on olemas, kuid kus on talle viide? Vastavasisulise ligu 
juurest ma seda ei leidnud.
* lk 13. CROSSUNITS->UNIT->atomnr kirjelduses peaks vast kah olema, et 
backbon+hydrogens. Tabelit vidakse vaadata suvalisel hetkel ning ei saa 
eeldada, et ta on eelmise osa tabelist lbi lugenud, kus see asi juba 
kirjas oli
* kohati kirjutatkse "index", kohati "indeks". kki paneks igale poole 
htemoodi?
* pole kll kindel, kuid "NB" peaks alati kirjutatama nii: "NB!" :) lk 15.
* chains.ini kirjelduses viks mingi jutt olla ka levelid ehk 
tasemeindeksi kohta?
* kas on nii, et CC* osas kirjeldatakse nii teiste ahelatega sidumist 
kui ka uniti enda siseseid seoseid, kuid C2C* osas ainult ristuniti ja 
edasise vahelisi seoseid?
* lk. 24; levalt tabelist 2 rida on sna "tasmeindeks"
* mcgenni outputti tuleks lahti seletada
* ole hea ja seleta see asi mulle lahti. Log failist fragment:
[M01L01C001U0001B01] OK            1            1            1        15999



